A administração e gestão do Agrupamento de Escolas de Alcanena é assegurada por órgãos próprios, aos quais cabe cumprir e fazer cumprir os princípios e objectivos referidos no Decreto-Lei nº 75/2008.

Os órgãos de direcção, administração e gestão do Agrupamento de Escolas de Alcanena são os seguintes:
a) O Conselho Geral;
b) O Director;
c) O Conselho Pedagógico;
d) O Conselho Administrativo.